Når der befugtes med dysesystemer forstøves vand ud i det lokale, hvor man ønsker at styre luftfugtigheden. Det er af afgørende betydning at vandet som anvendes er rent og bakteriefrit, således at der ikke kan opstå sundhedsrisiko for de mennesker der opholder sig i de lokaler som befugtes.

Vand er et vigtigt levnedsmiddel, og der er samtidig mange bakterier som naturligt lever i vandbårne systemer eller kan binde sig til vand-aerosoler.

Der findes pt. ingen myndighedskrav for kontrol af vandkvalitet i befugtningsanlæg og der findes inden standard for hvor mange mikroorganismer, der må være i vandet som anvendes til befugtning.

Der findes myndighedskrav til antallet af mikroorganismer i drikkevand og hvor ofte drikkevandet skal kontrolleres, men kravende til drikkevandet kan ikke umiddelbart overføres til befugtnignsanlæg, da vandet ikke indtages med forstøves og optages i luften.

I Tyskland findes retningslinier for kimtal i luft og vand, som skal overholdes ved installering af befugtningsanlæg i industrilokaler.

For at sikre, at vandet som forstøves fra befugtnigsanlægget ikke udgør en risiko, skal der tages specielle forholdsregler. Dette indebærer, at befugtningsanlægget skal være opbygget i hygiejnisk design og der skal tages hygiejniske forholdsregler, dels ved fremstilling og montage, dels ved efterfølgende drift, service og vedligeholdelse.